Cả cuộc đời của ông gắn liền với cuộc đấu tranh đánh phá CSBV phục vụ nền Tự do và Dân chủ cho Việt Nam Cộng Hòa. Cuối năm 1956, Nha Tổng Nghiêm Huấn Bộ Quốc Phòng giải tán. Vào đầu năm 1957, sau khi ổn định chính quyền, Tổng thống Ngô Đình Diệm vinh thăng cấp bậc Thiếu tá cho Đại Úy Lê Quang Tung thuộc Sở An Ninh Quân Đội, gửi đi tu nghiệp nước ngoài. Trở về nước năm 1958, Thiếu tá Lê Quang Tung được vinh thăng Đại tá và được Tổng thống bổ nhiệm làm Giám đốc Sở Liên lạc trực thuộc Phủ Tổng thống. Cũng trong thời gian này, sau khi chỉ huy nhiều công tác ra Bắc, được sự tín nhiệm của Tổng thống Diệm, Cố vấn Nhu, ông William Colby và Đại tá Lê Quang Tung, Đại Úy Ngô Thế Linh được giao phó nhiệm vụ Trưởng Phòng 45 (Phòng E). Đầu năm 1959, qua sắc lệnh của Tổng thống Ngô Đình Diệm, Đại úy Ngô Thế Linh thành lập Sở Bắc (từ Phòng 45) và cũng là vị Chỉ huy trưởng duy nhất của Sở. Sở Bắc là một tổ chức tối mật trực thuộc Sở Liên lạc, Phủ Tổng thống, trực tiếp báo cáo cho Tổng thống và rất ít các cố vấn An Ninh Quốc Gia. Sở Bắc hoạt động và điều hành các điệp vụ Bắc tiến và ở Lào với sự yểm trợ của Trung ương Tình báo Hoa Kỳ (CIA) tại Sài Gòn. Sau chính biến 1963 Sở Bắc và Đại úy Ngô Thế Linh vẫn tiếp tục hoạt động như trước với Trung ương Tình báo Hoa Kỳ với sự chấp nhận của các tướng lãnh Quân lực VNCH. Trong suốt thời gian từ ngày thành lập (1959) đến hết ngày 1 tháng 1 năm 1963 rất ít người biết đến Sở Bắc. Với chức vụ Chỉ huy trưởng Sở Bắc, Đại úy Ngô Thế Linh tuyển chọn, chỉ huy và điều hành những nhân viên tình nguyện ưu tú cho những điệp vụ nguy hiểm và tối mật ra Bắc. Ông đã thành lập và chỉ huy lực lượng Biệt Hải. Toán Biệt Hải đầu tiên gồm các quân nhân ưu tú của Quân lực VNCH đa số thuộc Liên đoàn 77 và Hải Quân. Từ năm 1961 đến năm 1963, Sở Bắc và Đại úy Ngô Thế Linh đã thực hiện trên 40 Toán Biệt kích và Gián điệp trường kỳ ở Bắc Việt qua đường biển, đường bộ và đường hàng không.
Kể từ năm 1964, Sở Bắc được tách rời khỏi Bộ Tư lệnh LLĐB và trở thành Sở Kỹ thuật trực thuộc Bộ TTM Quân lực VNCH do Đại tá Trần Văn Hổ làm Giám đốc, Thiếu tá Ngô Thế Linh được bổ nhiệm ra Đà Nẵng để thành lập Sở Phòng vệ Duyên Hải và là vị Chỉ huy trưởng đầu tiên của Sở này. Sở Phòng vệ Duyên Hải đồn trú dọc bờ biển Đà Nẵng từ Non Nước, xuống đến Sơn Trà và bãi biển Tiên Sa. Đến giữa năm 1965, Thiếu tá Ngô Thế Linh đã bàn giao chức vụ Chỉ huy trưởng Sở Phòng vệ Duyên Hải qua cho Hải Quân Trung tá Hồ Văn Kỳ Thoại và từ đó Sở được đặt dưới quyền điều động của Bộ Tư lệnh Hải Quân VNCH. Sau khi được vinh thăng Trung tá, ông được bổ nhiệm chức vụ Phó Giám đốc Nha Kỹ thuật. Trong cương vị này, Trung tá Ngô Thế Linh đã tổ chức và điều hành thêm hai đoàn công tác đặc biệt:
+ Đoàn 68: sử dụng hàng binh và hồi chánh viên CSBV trong việc thu thập tin tức các đơn vị CSBV tại Lào và Campuchia, hoặc lừa địch để tạo sự nghi ngờ và xáo trộn hàng ngũ CSBV.
+ Đoàn 11: hoạt động ngắn hạn từ bắc vĩ tuyến 17 lên Vinh, Lào, Campuchia nhằm phá hoại giao thông, binh trạm của CS dọc đường mòn Hồ Chí Minh và thu thập tin tức về cuộc xâm nhập của CSBV vào miền Nam Việt Nam.
Ông điều khiển các hoạt động chiến tranh tâm lý tại miền Bắc Việt Nam bằng đài phát thanh Tiếng Nói Tự Do, Gươm Thiêng Ái Quốc, Mẹ Việt Nam trong công tác tuyên truyền. Sau Tết Mậu Thân 1968, những công tác oanh tạc tạm ngưng nhưng CSBV vẫn tiếp tục xâm nhập miền Nam Việt Nam. Với chức vụ Phó GĐ Nha Kỹ thuật, vào năm 1970, Đại tá Ngô Thế Linh thành lập và kiêm chức vụ Chỉ huy trưởng Sở công tác Nha Kỹ thuật với trên 1500 chiến sĩ ưu tú của LLĐB. Sau năm 1972, ông về giữ chức Chỉ huy trưởng Trung tâm huấn luyện Biệt Kích Yên Thế ở Long Thành. Ông giữ cấp bậc Đại tá trên 7 năm và là một vị chỉ huy trưởng âm thầm bí mật, chiến đấu không vì bằng khen hay huy chương mà cho một lý tưởng cao quý hơn - phục vụ Tổ quốc để bảo vệ Tự do và Dân chủ cho VNCH.
23 năm binh nghiệp, phục vụ cho nền Dân chủ VNCH, Đại tá Ngô Thế Linh là một nhân vật chính yếu của guồng máy tình báo của miền Nam Việt Nam. Ông đã chỉ huy nhiều cơ sở bí mật, chiến đấu trong những trận chiến bí mật tiêu diệt những cơ sở chiến lược của CSBV. Đại tá Ngô Thế Linh đã được Tổ quốc ghi ân với 53 Huy chương, Bảo Quốc Huân Chương, Lục Quân Huân Chương, Tham Mưu Bội Tinh, trên 10 Anh Dũng Bội Tinh với Nhành Dương Liễu... và còn nhiều huy chương cao quý khác của Quân lực VNCH.
Ông Ngô Xuân Hùng, con trai Đại tá tâm sự: "Cha tôi đã nhận những vinh dự trong im lặng không kèn trống, cũng như chấp nhận những thất vọng không một lời phàn nàn, vì lòng tin của Người sắt đá và với tinh thần chống cộng bất diệt. Có lần ông đã nói với các chiến hữu rằng là một người chỉ huy chiến đấu cho lý tưởng tự do mà phải bỏ súng đầu hàng trong khi CS lan tràn tiến tới là một sự tủi nhục. Cho dù có những lý do chính đáng, chúng ta không thể nào tự đề cao những chiến thắng hay là sự hy sinh dũng cảm của chúng ta". Đại tá Ngô Thế Linh là người trầm lặng, trung thực, anh dũng, biết hy sinh. Ông đã giữ trong lòng tất cả những bí mật của cuộc chiến mà ông là nhân vật chính yếu. Với lòng ái quốc ông đã cùng sát cánh với các chiến hữu đấu tranh cho lý tưởng tự do dân chủ.
Người viết vô cùng cảm ơn tư liệu quý báu của con trai Đại tá Ngô Thế Linh, ông Ngô Xuân Hùng và các chiến hữu của Đại tá, nhờ đó người viết có cơ hội tóm lược và phân tích để lưu giữ lại cho đời sau những sự thật về người anh hùng bí mật của LLĐB.
Ozzie Nguyen
(bài viết được tổng hợp và phân tích từ nhiều nguồn tài liệu)
